Film berdurasi sekitar 2 jam yang merupakan sekuel dari Rise of The Planet of The Apes di tahun 2011 ini masih menampilkan seekor kera yang memiliki kecerdasan layaknya manusia akibat sebuah penelitian eksperimental sejumlah ilmuwan, bernama Caesar.
Sayangnya, virus yang dimasukkan ke dalam tubuh kera yang menjadikannya cerdas, justru menyebar dan menyerang manusia, sehingga membuat populasi manusia berkurang dan nyaris punah. Namun setelah 10 tahun berselang, ada sejumlah manusia lemah yang mampu bertahan melawan serangan virus ini.
Di sisi lain, Caesar si kera cerdas yang sejak lama kembali ke habitatnya di hutan ini sudah menjadi pemimpin komunitas kera yang kini juga sudah memiliki tingkat kecerdasan seperti dirinya.
Caesar yang juga masih diperankan Andy Serkis, kini dikisahkan sebagai kera yang bijaksana dan cinta perdamaian. Berbeda dengan kera lainnya yang sangat temperamental, Koba (Toby Kebbell).
Sementara itu di sisi manusia, Dreyfus (Gary Oldman) seorang anggota militer yang kehilangan keluarganya akibat terserang virus, kini menjadi 'kepala suku' kelompok manusia yang mampu bertahan dari seranag virus ALZ-113 dan tinggal di San Fransisco.
Bersama seorang pria yang cinta keluarga, Malcolm (Jason Clarke), mereka berdua memasuki sebuah area penghasil listrik bernama The O'Shaughnessy Dam, untuk mendapatkan cadagan listrik yang mulai hilang di kota tempatnya tinggal.
Saat hendak memasuki sebuah area yang dimaksud, kelompok pimpinan Dreyfus ini harus berhadapan terlebih dahulu dengan komunitas kera pimpinan Caesar. Yang di dalamnya beranggotakan Koba si kera ambisius, anaknya Blue Eyes (nick Thurston), dan orangutan Kalimantan bernama Maurice (Karin Konoval).
Dalam pertemuan yang penuh ketegangan itu, seorang kawan Malcolm, Carver (Kirk Acevedo), ternyata tak tahan untuk menembak seekor kera hingga mereka marah. Sontak Koba mengajak seluruh pasukan kera untuk membasmi kelompok manusia itu. Dreyfus pun sempat meminta gencatan senjata,namun ditolak pasukan kera.
Di sisi lain, Caser sebenarnya tak ingin ada pertumpahan darah antara komunitasnya dengan sekelompok manusia itu. Keharuan sempat mencuat saat Caesar menonjolkan kebesaran hatinya bahwa sebagai kera ia tak punya hak untuk mencampuri urusan manusia, demikian sebaliknya.
Malcolm pun menyadari, untuk bisa memasuki area penghasil listrik itu ia harus bisa mengambil hati para kera, terlebih bisa dipercaya oleh sang penguasa hutan, Caesar. Untuk itu, ia pun kembali ke San farnsisco dan berencana kembali ke hutan dengan membawa istrinya Ellie (Keri Russell) dan anak remajanya Alexander (Kodi Smith-McPhee).
Jika mereka tak kembali ke hutan, kata Dreyfus, kelompok manusia yang tersisa ini sudah apsti akan dihabisi oleh para kera yang kekuatannya jauh lebih besar itu.