Alkisah, cinta lama pun bersemi kembali. Tanpa menunggu lama-lama, Habibie melamar Ainun dan mereka pun menikah 12 Mei 1962. Adalah Kaliurang, Bali, dan Ujungpandang yang menjadi saksi bisu bulan madu pasangan pengantin baru ini. Setelah itu, Ainun terpaksa meninggalkan pekerjaannya di RSCM demi mendampingi sang suami meneruskan pendidikan doktornya di Jerman.
Masa-masa awal di negara itu bukanlah masa menyenangkan kendati kebahagiaan Ainun-Habibie semakin lengkap dengan lahirnya dua buah hati mereka, Ilham Akbar dan Thareq Kemal. Ainun harus ikut membantu bekerja dan menjahit baju sendiri agar uang beasiswa cukup untuk hidup di negeri orang. Nenek enam cucu ini pula yang terus menyemangati Habibie ketika ia nyaris patah arang gara-gara topik tesisnya diambil pembimbingnya.
Segala pengorbanan Ainun tak sia-sia karena Habibie berhasil menjadi doktor dengan predikat Cum Laude. Seakan ingin menunjukkan rasa terimakasihnya kepada sang istri tercinta, saat acara penganugerahan gelar Doktor Honoris Causa dari UI, Habibie bertutur, "Di balik seorang tokoh, selalu tersembunyi peran dua perempuan, yaitu ibu dan istri. Saya juga menerima penghargaan ini atas nama keluarga, anak-anak, dan cucu-cucu saya, khususnya istri saya yang terus mendampingi saya dengan tulus dan ikhlas, sehingga saya menjadi hamba Allah seperti sekarang ini,".
Sebagai ibu, Ainun juga berhasil mendidik dua anak lelakinya. Ilham yang mendalami ilmu Aeronautika di Jerman, meraih gelar PhD dengan predikat Summa Cum Laude sedangkan Thareq menyelesaikan Diploma Ingeneur di Braunsweig, Jerman. Dari dua anaknya ini, Ainun mendapat enam cucu.
Sama seperti ayah mereka, Ilham dan Thareq, sangat kehilangan Ainun. Tanggal 12 Mei silam, kisah Ilham, ia tiba di Munchen. Hari itu bertepatan dengan HUT perkawinan orangtuanya ke-48. Meski sudah tak bisa berkomunikasi langsung, "Saya tahu, Ibu mendengar ucapan saya."
Siapa sangka, itulah komunikasi terakhir Ilham dengan ibunya karena ia lalu kembali ke Jakarta. "Begitu banyak kenangan indah kami bersama Ibu yang tak mungkin bisa dilupakan dan sulit untuk menceritakannya," kenangnya akan sang bunda yang rajin mengaji, senantiasa bersikap tenang, tapi to the point.