Dari 48 partai peserta pemilu 1999, hanya 21 partai yang mendapatkan kursi di DPR dan PDI-P keluar sebagai pemenang mayoritas suara, disusul Partai Golkar, PPP, Partai Kebangkitan Bangsa, Partai Amanat Nasional di posisi lima besar.
Kemudian dari hasil Sidang Umum MPR, Abdurrahman Wahid (Gus Dur) dan Ketua Umum PDI-P Megawati Soekarnoputri dilantik menjadi Presiden dan Wakil Presiden yang terpilihi.
Pasangan Abdurrahman Wahid - Megawati Soekarnoputri kemudian digantikan oleh pasangan Megawati Soekarnoputri - Hamzah Haz dari Sidang Istimewa MPR RI, 23 Juli 2001.
Perkumpulan untuk Pemilu dan Demokrasi (Perludem) mencatat sejumlah poin penting dalam pelaksanaan pemilu 1999. Pertama, pemerintahan transisi setelah berhentinya Presiden Soeharto dikehendaki untuk sesingkat mungkin, dimana pemilu ditargetkan untuk dapat dilaksanakan pada bulan Mei atau selambat-lambatnya Juni 1999.
Kedua, terdapat asas demokratis, jujur, dan adil sebagai tambahan terhadap asas pemilu sebelumnya, yaitu asas langsung, umum, bebas, dan rahasia.
Ketiga, penyelenggaraan pemilu dilaksanakan pada hari libur atau hari yang diliburkan. Keempat, peserta pemilu tidak hanya dua partai politik dan satu golongan, tetapi pemilu diiikuti oleh partai politik atau peserta pemilu yang memenuhi syarat sesuai dengan peraturan perundang-undangan, dan memiliki kedudukan dan hak yang sama antara yang satu dengan yang lainnya.
Kelima, penyelenggara pemilu adalah suatu badan yang bebas dan mandiri yang terdiri dari unsur partai politik dan pemerintah, serta diawasi oleh suatu badan pengawas yang mandiri.
Artikel ini telah tayang di Kompas.com dengan judul Sejarah Pemilu 1999, Pesta Demokrasi dengan Partai Peserta Terbanyak