Periode selanjutnya, Gubernur Jendral Johan van Hoorn pada 25 Januari 1707 membangun gedung baru di tempat yang sama. Gaya bangunannya menyerupai Istana Daam di Amsterdam.Proses pembangunan berlangsung lama dan baru selesai era Gubernur Jendral Abraham Van Riebeeck. Gedung pun diresmikan 10 Juli 1710.
Pada masanya, gedung yang menempati area seluas 13.588 meter pesegi ini difungsikan untuk kantor, ruang pengadilan, dan ruang penjara bawah tanah di bagian belakang. Selanjutnya, pada tanggal 30 Maret 1974, gubernur DKI saat itu, Ali Sadikin, meresmikan Museum Sejarah.
Ruang museum ini dibagi dalam beberapa periode, mulai dari zaman prasejarah sampai Jakarta masa kini. Di sana tersimpan begitu banyak peninggalan masa lalu yang sekaligus menunjukkan kekayaan budaya bangsa. Antara lain replika peninggalan masa kerajaan Tarumanagara dan Pajajaran, hasil penggalian arkeologi di Jakarta. Ada pula prasasti Ciaruteun, yang merupakan peninggalan Kerajaan Tarumanegara dimana terdapat jejak telapak kaki Dewa Wisnu.
Keberadaan kota Jakarta tak lepas dari spirit perjuangan melawan penjajah Belanda. Salah satunya penyerbuan Sultan Agung dari Mataram ke Batavia tahun 1628 dan 1629. Nah, di salah satu ruangan, kita bisa menyaksikan epos kepahlawanan ini dalam lukisan ukuran besar (3 x 10 meter) karya pelukis kenamaan bernama S. Sujoyono.
Koleksi yang cukup banyak adalah mebel antik abad 18 dam 19, seperti meja, lemari, ranjang kayu. Yang mencengangkan, lemari-lemari itu berukuran raksasa. Ranjangnya pun terbilang lebar. Yang menarik, ada koleksi ranjang ayunan untuk bayi terbuat dari kayu jati, lengkap dengan ukirannya. Soal mebel, rupanya ada sebuah riwayat. Semula, hanya raja yang boleh duduk di kursi. Sejak abad 17 kursi, bangku panjang, dan mebel juga dimiliki keluarga menengah. Desain mengacu model Eropa tapi dengan dekorasi motif Indonesia dan India. Semua mebel yang tersimpan di gedung berlantai dua itu, tentu saja milik keluarga kaya.
Di bagian belakang museum, terdapat halaman luas yang ditata menjadi taman nan apik. Di sana ditempatkan Patung Dewa Hermes, dewa keberuntungan dalam mitologi Yunani. Ada pula Meriam Si Jagur yang disebut-sebut sebagai lambang kesuburan.
Henry