Di musim ke-8 yang lalu, Sam dan Dean mendapatkan misi menutup Pintu Neraka dan bersama Prophat Kevin Tran (Osric Chau), mereka menghadapi King of
Hell, Crowley (Mark. A Sheppard), beserta antek-anteknya. Termasuk ancaman lain dari Knight of Hell, Abaddon (Alaina Huffman).
Sementara Castiel (Misha Collins) mendapatkan misi dari Metraton (Curtis Armstrong), sang pencatat sabda Tuhan, untuk menutup Pintu Surga. Metraton ternyata memiliki niat jahat yang tersembunyi, sehingga Castiel harus membayar mahal apa yang telah ia lakukan dengan bertransformasi menjadi manusia biasa, diikuti jatuhnya para malaikat ke bumi.
Ribuan malaikat dengan kekuatan khusus ini, kini berkeliaran di bumi dengan maksud tertentu yang mengancam umat manusia. Sedangkan Abaddon berambisi mengambil alih kekuasaan King of Hell.
Selanjutnya, Sam dan Dean ditugasi membuka kembali Pintu Surga dan mengembalikan ribuan malaikat yang berkeliaran di bumi dengan kekuatan khusus memiliki agenda tersembunyi yang mengancam umat manusia.
Namun belum sempat menangani misi itu, Sam dan Dean harus menghadapi masalah mereka sendiri. Sam hampir tewas dan Dean sangat panik mendengar vonis dokter bahwa adiknya tidak mungkin diselamatkan.
Merasa putus asa, Dean pun berdoa dan mengirimkan pesan ke semua malaikat yang ada untuk membantu adiknya. Sebagai imbalannya, Dean akan mengabulkan satu permintaan sang malaikat. Para malaikat yang tengah marah pun berlomba-lomba mencari dan membunuh Dean, namun Ezekiel lah yang berhasil menemukan Dean.
Kesepakatanpun terjadi dan hal ini dirahasiakan Dean dari Sam, sebagai satu hal yang akan terus menghantui Dean serta menganggu hubungannya dengan sang adik dengan satu pertanyaan penting: apakah ia telah melampaui batas demi menyelamatkan keluarganya?
Sepanjang musim ke-9 ini, kendati tetap bekerja menyelidiki dan menuntaskan berbagai kasus pembunuhan misterius yang melibatkan para mahluk supranatural, Sam dan Dean dibantu Prophet Kevin terus mencari jalan untuk membuka Pintu Surga dan mengembalikan para malaikat.
Situasi makin runyam, lantaran Knight of Hell, Abaddon, mencoba mengambil kekuasaan King of Hell. Sam dan Dean pun berupaya mendapatkan senjata pamungkas yang bisa membinasakan Abaddon, yaitu First Blade dan Mark of Cain.
Episode ke-17 Supernatural musim ke-9 yang berjudul Little Mother's Helper, disutradarai oleh Misha Collins, pemeran Castiel. Ini merupakan debutnya sebagai sutradara. "Sudah cukup lama aku menjalani profesi sebagai aktor sehingga sudah tahu seluk-beluk produksi. Jadi sutradara sungguh menyenangkan walaupun kita tak bisa lengah. Semenit saja lengah, semua adegan bisa berubah dari rencana."